Los datos del programa estadounidense All of Us han permitido descubrir varias variantes genéticas nuevas implicadas en la diabetes tipo 2 y podr?an ayudar a identificar riesgos de enfermedades genéticas. También constituyen un avance importante en la diversidad de las poblaciones representadas.

Un programa de EE.UU. que busca mejorar la salud de las personas analizando sus genomas y sus historias cl?nicas ha empezado a dar frutos, informa la revista Nature en un documentado art?culo.

Los cient?ficos del programa All of Us, dirigido por los Institutos Nacionales de Salud de EE.UU., han analizado los genomas de hasta 245.000 personas y han encontrado m?s de 275 millones de variantes genéticas nuevas, de las cuales unas 150 podr?an estar relacionadas con la diabetes tipo 2.

El trabajo también ha revelado las carencias de la investigaci?n genética sobre las poblaciones no blancas.

Los resultados de todo este trabajo se han publicado este mes en un conjunto de art?culos aparecidos en Nature, Communications Biology y Nature Medicine.

Tesoro genético

El programa All of Us, que ha recibido m?s de 3.100 millones de d?lares hasta la fecha, tiene previsto elaborar perfiles de salud detallados de un mill?n de personas en Estados Unidos para finales de 2026, con la finalidad de ampliar la diversidad en los genomas disponibles para la investigaci?n.

El programa comenz? a inscribir a personas en 2018, y public? su primer tramo de datos - unos 100.000 genomas completos - en 2022. En abril de 2023, hab?a inscrito a 413.000 participantes an?nimos, el 46% de los cuales pertenecen a un grupo racial o étnico minoritario, y hab?a compartido casi 250.000 genomas.

El conjunto de datos de All of Us es "un tesoro genético”, sobre todo de genomas afroamericanos, hispanos y latinoamericanos, que faltan en la gran mayor?a de los recursos de biobancos a gran escala y en los consorcios de gen?mica, seg?n los cient?ficos.

Datos reveladores

El equipo de All of Us analiz? los genomas de m?s de 200.000 participantes, de los cuales el 54% eran de ascendencia no europea, y encontr? 147 variantes genéticas que podr?an estar relacionadas con la diabetes tipo 2. De ellas, 111 no se hab?an identificado anteriormente, y 36 eran espec?ficas de grupos no europeos.

Estas variantes podr?an ayudar a explicar por qué algunas personas tienen un mayor riesgo de desarrollar la enfermedad que otras, y podr?an conducir al desarrollo de nuevos tratamientos o estrategias de prevenci?n.

Nuevas variantes

El estudio utiliz? los datos de All of Us para identificar también m?s de 275 millones de variantes genéticas, de las cuales el 90% no se hab?an descrito antes.

Estas variantes podr?an ser ?tiles para estudiar la funci?n de los genes y las regiones no codificantes del genoma, as? como para comprender la historia evolutiva de las poblaciones humanas.

Los investigadores también descubrieron que el conjunto de datos de All of Us es m?s representativo de la diversidad genética mundial que otros conjuntos de datos de referencia, como el Proyecto 1000 Genomas, que contiene los genomas de 2.504 personas de 26 poblaciones.

Limitaciones a tener en cuenta

Los estudios de All of Us han revelado asimismo algunas de las limitaciones de la investigaci?n genética actual. Por ejemplo, el referido estudio publicado en Nature Medicine descubri? que los algoritmos de aprendizaje autom?tico que predicen la edad biol?gica de una persona a partir de su ADN funcionan peor en las poblaciones no europeas que en las europeas, lo que sugiere que estos modelos est?n sesgados por los datos de entrenamiento (propios de la IA) disponibles.

Por ?ltimo, el estudio publicado en Communications Biology mostr? que los métodos est?ndar para estimar el origen geogr?fico de una persona a partir de su genoma pueden ser inexactos o enga?osos cuando se aplican a poblaciones mixtas o subrepresentadas.

Un recurso en crecimiento

Los investigadores de All of Us esperan que el conjunto de datos se vuelva a?n m?s valioso a medida que se a?adan m?s participantes y m?s tipos de datos.

El programa tiene previsto recopilar datos de salud electr?nicos, registros de medicamentos, datos de dispositivos port?tiles y muestras de sangre y orina de los participantes, as? como realizar encuestas sobre sus estilos de vida y sus experiencias sanitarias. Estos datos podr?an ayudar a correlacionar los rasgos genéticos con los resultados de salud y a identificar factores ambientales y sociales que influyen en la salud.

Otra forma de hacer ciencia

El programa también tiene previsto ampliar el acceso a los datos a m?s investigadores. Actualmente, s?lo los investigadores afiliados a instituciones académicas o sanitarias de EE.UU. pueden solicitar el acceso, y deben cumplir una serie de requisitos éticos y de seguridad.

Pero el programa est? trabajando para permitir el acceso a investigadores de otros pa?ses y sectores, as? como a los propios participantes.

Los investigadores que ya han utilizado los datos de All of Us dicen que el programa est? cumpliendo su promesa de democratizar la investigaci?n genética y mejorar la salud de las poblaciones marginadas, y consideran por ?ltimo que va a cambiar la forma en que se hace ciencia.

Referencias

Genomic data in the All of Us Research Program. The All of Us Research Program Genomics Investigators. Nature (2024). DOI:https://doi.org/10.1038/s41586-023-06957-x

Genetic drivers of heterogeneity in type 2 diabetes pathophysiology. Ken Suzuki et al. Nature (2024). DOI:https://doi.org/10.1038/s41586-024-07019-6

The frequency of pathogenic variation in the All of Us cohort reveals ancestry-driven disparities. Eric Venner et al. Communications Biology volume 7, Article number: 174 (2024). DOI:https://doi.org/10.1038/s42003-023-05708-y

Selection, optimization and validation of ten chronic disease polygenic risk scores for clinical implementation in diverse US populations. Niall J. Lennon et al. Nature Medicine volume 30, pages 480–487 (2024). DOI:https://doi.org/10.1038/s41591-024-02796-z

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